Hennebont fut occupée dès les temps préhistoriques.

Au lieu-dit "Polvern" les traces d'une occupation gauloise à l'âge du fer ont été trouvées. Deux anses du Blavet encadrant Hennebont gardent le souvenir des évangélisateurs que furent Saint-Gunthiern et Saint-Caradec (VIème siècle). Une peuplade de pêcheurs aurait habité le site qui porte toujours le nom de ce dernier ermite.

A l’époque féodale, aux environs de l’An Mil, le site devient “Hennebont”. Un fief important, les seigneurs du Kémenet Héboë, dressèrent leur château sur une "motte" de la rive droite, au-dessus de Saint-Caradec, point stratégique dominant un étroit passage du fleuve. Au milieu du XIIIème siècle, après le démantèlement du Kémenet Héboë, le duc de Bretagne, Jean 1er Le Roux, fit élever sur la rive gauche les fortifications. Hennebont devint très vite une place forte importante du duché de Bretagne, ce qui lui vaudra de nombreux sièges parmi lesquels le siège de 1342 avec Jehanne La Flamme.

Aux XVIIème et XVIIIème siècles, la région vit essentiellement du commerce maritime et agricole. Les maisons et hôtels particuliers disent la prospérité de la ville. A partir de 1666 et de l'établissement de la compagnie des Indes à l'Orient, la prépondérance administrative et judiciaire du siège de la sénéchaussée d'Hennebont décline au profit du nouveau port créé à l'embouchure du Blavet. A partir de 1857, les haras nationaux s'installent sur le site de l'ancienne abbaye de la Joye.
Hennebont connaît entre les deux guerres, un développement urbain important avec les Forges à Lochrist.

Le 7 août 1944, une grande partie du centre-ville est détruite par les bombardements des troupes allemandes retranchées dans la "poche de Lorient". 
Les quartiers les plus anciens sont très touchés et seront à l'origine d'une reconstruction et d'une urbanisation qui ira en se diversifiant sans cesse.